ny_quant | My comment to an entry 'Поколение циников и трусов' by ak

Когда мы хотим упростить реальность, мы еще низводим ее до двух состояний вкл/выкл (1/0). Объявили эпидемию побежденной — будьте любезны предъявить смертность соазу же такой, как она была!

Хотя, может, надо было продлить локдауны и остальное?

Edited 2023-07-21 15:24 (UTC)

По-моему, там в комментах путаница с efficacy vs. effectiveness.

I may have contributed.

А это видео про efficacy вообще чушь полная. С чего он взял, что vaccinated were classified as unvaccinated for the first 2-3 weeks after vaccination? That's not how double blind clinical trials work.

Возможно так делали когда собирали статистику IRL.

А если это IRL, то есть open label study или non-interventional study, то тогда никакой речи не может идти об efficacy, там считают effectiveness. Как ее определяют прописано в общих чертах in a study protocol и более подробно изложено в statistical analysis plan. Если бы этот чувак из видео продемонстрировал нам протокол или SAP, где написано "тут считаем, тут не считаем, тут рыбу заворачиваем" — это было бы интересно, а так все его испражнения в Экселе ничего общего не имеют с реальностью.

С чего он взял, что vaccinated were classified as unvaccinated for the first 2-3 weeks after vaccination?

Так определяет OHS, на которую он ссылается в ролике. Именно на основе статистики заболеваний OHS заявляла об эффективности вакцин.

Я не знаю, что такое OHS.

Прошу прощения, ошибся. ONS — Office for National Statistics in UK.

С начала эпидемии Фентон критикует качество данных ONS. Полагаясь на эту статистику, правительство разрабатывало антиковидные policies.

Примеры статей Фентона:
- https://wherearethenumbers.substack.com/p/the-latest-ons-data-on-deaths-by
- https://wherearethenumbers.substack.com/p/the-bias-in-vaccine-effectiveness

Edited 2023-07-22 01:45 (UTC)

Я глянул статью из второй ссылки. Он либо не понимает разницу между efficacy и effectiveness, либо специально подменяет одно понятие другим, чтобы "подогнать ответ". Зато NEJM у него bought and sold и 'reputable' в кавычках. Приятно, наверное, про себя думать, какой ты самый умный и как ты развенчал весь этот Big Pharma Cabal.

Похоже что вы в теме и разбираетесь в предмете. Если отрешиться от эмоциональных характеристик журналов и смотреть на его критицизм в "Conclusions" — эта критика обоснована или нет?

Я не в состоянии оценить качество статей в Lancet или NEJM. Но у меня хороший нюх на фуфло. Если эти журналы пойманы за руку на мухлеже, то они сразу становятся "reputable" в кавычках.

Lancet, кстати, и до ковида ловили на недобросовестных публикациях. В моём личном рейтинге он примерно на уровне Scientific American. Оба not reputable, but occasionally entertaining.

Вот этот пассаж, он о чем, вообще? The main trick to getting to the high efficacy figures is to completely ignore vaccinated people who get infected within the first 14 days after their first dose - they are not even counted as ‘partially vaccinated’ since that only applies to people post 14 days of their first dose and pre 7 days of a second dose. (https://wherearethenumbers.substack.com/p/how-to-create-the-illusion-your-vaccine?utm_source=substack&utm_campaign=post_embed&utm_medium=web#:~:text=The%20main%20trick,a%20second%20dose.) Как же они игнорируются, когда вот эти цифры: For the period of 0 to 9 days after receipt of the first dose, the vaccine effectiveness was 12.8%. Vaccine effectiveness at 10 to 13 days after receipt of the first dose was 36.8% (https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2106599#:~:text=For%20the%20period%20of%200%20to%209%20days%20after%20receipt%20of%20the%20first%20dose%2C%20the%20vaccine%20effectiveness%20was%2012.8%25%20(95%25%20confidence%20interval%20%5BCI%5D%2C%20%E2%88%929.4%20to%2030.5).%20Vaccine%20effectiveness%20at%2010%20to%2013%20days%20after%20receipt%20of%20the%20first%20dose%20was%2036.8%25%20(95%25%20CI%2C%2014.8%20to%2053.1).)

Насчет того, кого считать partially и fully vaccinated, то эти 14 дней не взяты с потолка, это данные Пфайзера, полученные во время клинических испытаний посредством измерения уровня антител в крови участников. Опытным путем было установлено, что этот уровень достигает пика на 14 день после первой дозы вакцины. Это, вообще-то, с любой вакциной так, поэтому мы и до ковида постоянно слышали истории людей, которые заболевали гриппом через пару дней после прививки, и потом всем рассказывали, как они заразились гриппом от прививки. Простая мысль, что они эту прививку делали в офисе врача, где куча больных, им в голову не приходила. То есть, он не понимает, или делает вид, что не понимает, что вакцина (любая) - не аспирин, она не начинает действовать через час после укола. Ну или он реально считает, что люди заражаются ковидом от прививки (https://wherearethenumbers.substack.com/p/how-to-create-the-illusion-your-vaccine?utm_source=substack&utm_campaign=post_embed&utm_medium=web#:~:text=Does%20that%20sound%20like%20a%20vaccine%20that%20is%20effective%20in%20anything%20other%20than%20giving%20people%20covid%3F), тогда можно смело игнорировать вообще все, что он пишет и говорит.

Test-negative case-control study design - это стандартная штука, вот, например Пфайзер прямо сейчас делает observational study to determine the vaccine effectiveness of 2 doses of Pfizer-BioNTech BNT162b2 vaccine (https://www.clinicaltrials.gov/study/NCT04848584?term=Pfizer&rank=4).

Но если отбросить все детали, то что в сухом остатке утверждений этого господина? Вакцины от ковида дерьмо, не лечат, а калечат, Пфайзер врет, FDA врет, британские власти врут, продажные псевдонаучные журналы и MSM им подыгрывают. Как насчет PMDA в Японии, Health Canada, ЕМА в Европе, еще куча regulatory agencies по всему миру, у которых свои стандарты и свой approval process, они тоже в сговоре? То есть, когда International Cabal отвлекается от торговли детьми, он начинает подделывать данные по эффективности вакцин от ковида? Мне лично трудно в это поверить, но я человек ангажированный, поэтому с меня и спрос невелик. #diedsuddenly, #dyor :)

Спасибо за развёрнутый ответ!

Я вынужден признать что моих знаний не хватает, чтобы прокомментировать эту статью на которую он ссылается. Я не понимаю как составлена таблица 3. Почему контрольная группа разбита именно таким образом на строках частично и полностью привитых. При этом Фентон сам упоминает частично привитых. Видимо, ему очевидны какие-то вещи о которых я не имею понятия.

Лирическое отступление. Фентон был мейнстримным статистиком, работал с британским пр-вом в разных медицинских проектах пока не начал критиковать ковидные данные. После этого его заканселили и он проглотил красную пилюлю. Но он не конспиролог в шапочке из фольги. Его замечание про прививки, заражающие ковидом, это сарказм.

Test-negative case-control study design — ничего не могу сказать. Полностью вне моей компетенции. Поверю вам на слово.

Насчёт того, что все врут. Скорее всего да, все врут. Враньё ведь не должно быть полностью на 100%. Где-то умолчали, где-то выдали желаемое за действительное и т.д.. Это спектр. В целом, Пфайзеру я не доверяю на 90%, regulatory agencies — где-то на 70-80%. Не нужно даже никакого кабала. Достаточно, чтобы интересы совпадали.

Я не знаю видели ли вы эту статью: From FDA to MHRA: are drug regulators for hire? (https://www.bmj.com/content/377/bmj.o1538) О каком доверии институтам можно говорить?

П.С. Ничего не знаю о вас лично. Просто видел ваши комменты у хозяина журнала. Похоже, что вы живёте где-то в англоязычной стране и связаны с медициной и/или biotech'ом. Скорее всего, вам не менее 50 лет. В принципе, неплохой набор для содержательного разговора. :)

"Беда, коль пироги начнет печи сапожник, А сапоги тачать пирожник"

Я не слышал ничего про Фентона раньше, поэтому не знаю, какой он статистик, но, имхо, в биостатистике он не спец. Представьте физика, который читает лекцию по классической механике и все время использует скорость и ускорение, как взаимозаменяемые термины. Когда я вижу такого рода ляпы в статье, я резко теряю интерес ко всему, что хочет сказать автор.

Он там (https://wherearethenumbers.substack.com/p/how-to-create-the-illusion-your-vaccine?utm_source=substack&utm_campaign=post_embed&utm_medium=web#:~:text=they%20refused%20to%20publish%20this%20response%20by%20Mark%20Reeder).) дает ссылку на некоего Mark F. Reeder, который раскритиковал статью в NEJM, и сетует на то, что NEJM отказался эту критику печатать (видимо потому, что они продажные). В этой критической статье я увидел вот такую фразу: "The ratio of (19.3-9)/19.3 yields a coarse approximation of 54% efficacy for the vaccination effectiveness under the described circumstances using the null vaccine approach." Знаете, почему он такое написал? Потому что этот Mark F. Reeder is a Department Head and Professor of Aerospace Engineering at Air Force Institute of Technology. С какой стати он решил, что может рассуждать на тему, не связанную с его основной специальностью, я не знаю, но словосочетание "efficacy for the vaccination effectiveness" мешает мне поверить, что он разбирается в предмете. Он там еще какой-то null vaccine approach придумал, я вообще не понимаю. про что это.

Можно сто-пятьцот раз не доверять Пфайзеру, FDA, MHRA, но я бы не основывал это недоверие на подобной словесной и арифметической акробатике.

Кстати, перефразируя Мюллера, верить в наше время нельзя никому, но PMDA можно. Они настоящие питбули when it comes to drug approval process, мы ни для какого regulatory agency не делаем столько экстра анализа, сколько для наших японских товарищей, да и общие правила и требования у них намного жестче, чем, например, у FDA.

Вот хорошая статья, если интересно, A Primer on Effectiveness and Efficacy Trials (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3912314/) и цитата оттуда: "Although efficacy and effectiveness studies are both important when evaluating interventions, they serve distinct purposes and have different study designs. Unfortunately, the distinction between these two types of trials is often poorly understood."

Спасибо за линк. Почитал букварь. До разговора с вами я понятие не имел что есть разница efficacy vs effectiveness. Считал эти слова синонимами и взаимозаменяемыми.

Вооружившись новым знанием, перечитал статью "Effectiveness of mRNA Covid-19 Vaccine among U.S. Health Care Personnel". Понятнее, увы, не стало. Непонятно как они разбивают кейсы и контроль группу на строки.

Сначала я думал что control это непривитые, но в статье пишут: "Within any given week and study site, any participants who tested positive for SARS-CoV-2 (cases) and those who tested negative (controls) and agreed to complete a survey or to be interviewed were matched, with a target ratio of three controls per case."

Т.е., контроль-группа не постоянная, а всё время меняется от недели к неделе?

Или вот ещё: "A total of 45% of the case participants and 74% of the control participants had received at least one dose of Covid-19 vaccine at any time before the test date." Тут я совсем запутался. Выходит, control были привитые? А что тогда сравнивается?

Я попытался суммировать числа в столбце cases и в столбце control, но получившиеся результаты не соответсвуют числам в шапке.

Короче, я сдаюсь.

Если бы авторы статьи дали исходные данные, то, наверное, было бы возможно просто сравнить привитых с непривитыми. У нас, ~~сантехников~~ программистов принято давать доступ к исходным данным. Не знаю почему научные журналы этого не требуют.

Edited 2023-07-25 06:41 (UTC)

Вы не знали и я бы не знал, наверное, если бы в этой индустрии не работал, но люди, берущие на себя смелость публично критиковать фарму, regulatory agencies, правительство, должны чувствовать хоть какую-то ответственность и ознакомиться с терминологией, которой они оперируют, или я с Луны упал с такими требованиями?

Как я понял из этой статьи, они там находят людей (привитых и нет), которые (а) заболели и (б) tested positive for Covid. К каждому заболевшему ковидом они подбирают трех controls: тех, кто (а) работает с заболевшими в одном госпитале/facility, и (б) tested negative for Covid в течение той же недели. Среди controls могут быть, как привитые, так и не привитые, больные, здоровые, единственное отличие — это то, что controls tested negative for Covid. Если вы хотите, чтобы я защищал эту методологию, то я этого делать не буду, потому что вижу там, скажем так, wiggle room for getting desirable results. :) Критиковать все эти studies, особенно когда они influence government policies можно и нужно, но критика должна быть грамотной, а не вот это вот все. Могу только сказать, что observational clinical trials в фарме так не делают, там все строже и анализа намного больше, но это surveillance study, которая никуда не идет, кроме как в печать, поэтому у них другие (более гибкие) стандарты.

Если вам не лень и вы реально хотите разобраться, то я вам рекомендую посмотреть таблицы в Supplementary Appendix (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2106599#article_citing_articles:~:text=S1%20in%20the-,Supplementary%20Appendix%2C,-available%20with%20the) к этой статье, там больше данных, все суммируется, и вообще становится немного понятнее, что они там делали. Также попробуйте найти ответ на вопрос, куда попадает человек, который, к примеру, tested negative в тот же день, что и corresponding case, и попал в группу контроля, а на следующий день tested positive. Я этого ответа там не нашел, но может именно это и является причиной по которой они берут три контроля на каждый case.

Edited 2023-07-25 20:48 (UTC)

критика должна быть грамотной

Совершенно согласен. Добавлю только то, что важно не попадать в ловушку из слоновой кости. Профессионалы склонны с годами вырабатывать туннельное зрение. Нет в мире более легковерных людей, чем учёные. По-моему, основная часть критики именно об этом. Когда здравый смысл говорит одно, а учёные другое, широкая публика всегда выберет здравый смысл.

Статья, которую мы обсуждаем служит хорошим примером. Сколько людей в мире способны в ней разобраться и оценить качество результатов? Сто человек? Тысяча? Если бы я был политик, то не решился бы на основании одной такой статьи делать какие-либо выводы.

Нет в мире более легковерных людей, чем учёные.

И это тоже очередная байка, которую проталкивают невежды, которые никода не занимались наукой.

Не я первый это заметил. "There are some ideas so absurd that only an intellectual could believe them."

Said by a real scientist! Oh wait ...

~~Обидеть~~ Критиковать учёного может всякий. Нет такой привилегии у учёных, чтобы только учёные их могли критиковать.

Вы помните как учёные говорили нам что от перенесённого ковида нет иммунитета, надо непременно делать прививку и бустер. А возражавшим отвечали: "Trust science!". Тогда можно было их критиковать или ещё нет?

Критиковать может всякий, но есть критика и критика, и это именно то, что мы здесь обсуждаем. Слово одно, а значения могут быть разными. Рациональное зерно тут в том, что приобретенная степень PhD и даже практика занятия наукой не полностью иммунизирует людей от легковерности и прививает привычку к критическому мышлению. Но в общем и среднем у ученых оно развито куда лучше чем у остальных.

Мир не делится на ученых и неученых. Есть разные ученые и разные неученые. Этот нарратив, что "ученые говорили" никуда не годится потому что это говорили некие конкретные люди, а не все вирусологи в едином порыве. Я не знаю сколько их было, этих инициативных товарищей, но отсюда никак не следует, что науку надо целиком спустить в сортир и вместо этого слушать долбонавтов в шапочках из фольги, даже если кто-то из них один раз, как сломанные часы, вдруг оказался прав.

или я с Луны упал с такими требованиями?

Вы даете нереальные планы!

Да, действительно, чего это я. )

Со стороны обывателей я могу выдвинуть встречные требования. Например, не делать никаких выводов на основании одной статьи. или даже пяти статей.

Вне контекста пандемии, где счет жертв идет на сотни тысяч, это даже резонно.

В контексте пандемии велик соблазн делать хоть что-то, а последствия пускай следующее правительство разгребает. Это тем более опасно, что большинство исследований вообще не воспроизводятся.

Вот как раз в том самом NEJM вышло новое исследование, которое показывает что эффект бустеров не доказан: Potential “Healthy Vaccinee Bias” in a Study of BNT162b2 Vaccine against Covid-19 (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2306683#:~:text=The%20adjusted%2090,Clalit%20Health%20Services.)

Кто-нибудь извинился перед теми людьми, которых поувольняли из-за отсутствия прививки?

Более того, если не делать совсем ничего, то последствия тоже будет разгребать следующее правительство. Люди облеченные ответственностью вынуждены принимать решения в реальном времени на основании неполной и часто неточной информации. Ничего не поделаешь.

Со статьей не разбирался, это вне моей компетенции. Но это ведь тоже разбор полетов пост фактум. Тогда надо было действовать на основании тех данных что были тогда.

Кто-нибудь извинился перед теми людьми, которых поувольняли из-за отсутствия прививки?

Не уловил связи. Даже если бустеры были бесполезны (например потому что вирус мутировал и пришла новая волна) это совершенно не означает, что были бесполезны и изначальные прививки. In fact, there is shitload of data that they saved a lot of livs.e

Люди облеченные ответственностью вынуждены принимать решения в реальном времени на основании неполной и часто неточной информации.

Совершенно верно. Мои претензии ко многим. из них в том, что они отказались принимать решения. Пошли на поводу у экспертов, которые подобны флюсу. А сейчас не хотят обсуждать случившееся и делать выводы.

В другом треде мы затронули критику учёных. Это ведь не отдельные инициативные выскочки заставляли всех без разбору делать прививки, трёхлетним надевали маски в детсадах и пр. Это всё делалось правительством, которое ссылалось на заключения экспертов. Эксперты не сходили с экранов новостных программ и требовали им верить.

Учёных-диссидентов отменяли тоже не конспирологи в шапочках из фольги, а их коллеги из гарвардов и стенфордов.

Я пока не готов всю науку спустить в сортир, но доверие к ней у меня сильно пошатнулось.

Кстати, откуда известно о миллионах спасённых жизней? Надеюсь, это не матмодели как у климатологов.

Я не знаю кто отказался принимать решения, но некоторые или даже многие приняли решения на основании самых пессимистических прогнозов. Erring on the side of caution. Я даже сейчас не припомню кто были самые хладнокровные и уравновешенные эксперты. Был ли кто-то с серьёзным научным авторитетом, кто рекомендовал правительствам не делать ничего или делать по самому минимуму, не напрягаясь о запрете массовых сборищ или внедрении вакцин.

Совсем без моделей почти не бывает, но опубликована туева хуча статей в реферируемых журналах. Вот это по-моему без моделирования:

https://www.bmj.com/content/377/bmj-2021-069317 (https://www.bmj.com/content/377/bmj-2021-069317)

Основная проблема в наше неспокойные постмодернистские времена заключается в том, что нюанс мертв, у людей straw vision и видят они через эту трубочку только белое или черное. И только люди с недюжинным интеллектом, вроде меня, могут оценить реальное состояние дел и увидеть, что both things can be true at the same time. Была ли полнейшим идиотизмом и ничем необоснованным алармизмом истерика директора CDC в телевизоре про "impending doom" в марте 21-го? Конечно была. Сволочи ли те, кто заставляли моего шестилетнего внука находиться по 8 часов с бесполезной тряпкой на лице в школе и каждый день молча кушать ланч в коридоре за партой повернутой к стенке осенью и зимой того же года? Конечно сволочи. Но это не отменяет факта, что волна критики вакцин, которая поднялась еще до того, как эти вакцины были выпущены, разгонялась и продолжает разгоняться людьми, либо совершенно безграмотными не только в области vaccine development и clinical trials, но и с нулевыми познаниями в биологии, анатомии и физиологии, либо теми, кто все понимает, но делает это for profit driven or political reasons or both.

ППКС

С этим полностью согласен. Бинарное мышление это бич нашего времени. Каждый день надо выдавливать бинарное мышление из себя по капле.

Будет время - покапаюсь в нашей статистике. К слову - статистика по суициды всегда идет с запаздыванием на 18-24 месяца

My comment to an entry 'Поколение циников и трусов' by ak_47

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject